Analyse de flambées nosocomiales de SARS-CoV-2

Au début de la pandémie, on pensait généralement que les professionnels de la santé étaient victimes de Covid-19 nosocomial et que la source de leurs infections était les patients hospitalisés avec Covid-19 dont ils s'occupaient. On pensait que la transmission du SARS-CoV-2 était unidirectionnelle et que les événements de transmission entre le personnel médical (PM), entre eux et avec les patients, étaient considérés comme négligeables. Cette incompréhension de la dynamique de la transmission a conduit à de nombreuses épidémies nosocomiales.

L’objectif était de reconstruire les épidémies nosocomiales dans trois sites hospitaliers en 2020, en combinant des données épidémiologiques et génétiques, afin de comprendre la dynamique de transmission et d'améliorer les pratiques de PCI. Les objectifs comprenaient l'établissement des voies de transmission virale des foyers ; l'identification de la directionnalité de la transmission et la détermination des facteurs de risque pour l'infection nosocomiale.

Nous avons analysé des épidémies nosocomiales de SARS-CoV-2 dans trois sites hospitaliers du Département de réadaptation et de gériatrie des HUG, impliquant à la fois des patients et des professionnels de la santé. En raison de la densité de ces épidémies, la variabilité génétique des souches de SARS-CoV-2 était limitée. Ces souches n'ont pas eu le temps d'accumuler des mutations entre les événements de transmission, ce qui a entraîné une incertitude quant aux événements de transmission individuelle (c'est-à-dire de personne à personne). Malgré cette difficulté, nous avons pu faire certaines déductions en appliquant des techniques de modélisation sophistiquées. Nous avons montré que dans ces zones hospitalières "sans Covid", le SARS-CoV-2 était presque exclusivement importé par le personnel médical. Nous avons également montré que même dans une seule unité de soins, des souches peuvent circuler simultanément et être liées à des événements d'importation multiples.

Ces dynamiques de transmission particulières varient en fonction du contexte. Dans une petite clinique de réadaptation où il n'y a pas d'admissions aiguës, nous avons montré qu'il y avait une fraction significativement plus importante d'infections attribuables au personnel médical (71 %) que prévu compte tenu du nombre de cas de personnel médical (47 %). Les professionnels de la santé ont donc été les principaux moteurs de l'infection nosocomiale par le SARS-CoV-2 chez d'autres professionnels de la santé, et en particulier chez les patients, pour lesquels environ 80 % des événements infectieux étaient attribuables au personnel médical.

Dans un autre hôpital de réadaptation, nous avons montré que, dans un seul service, il y avait eu quatre cas d'importation distincts, tous par des professionnels de la santé, avec transmission ultérieure à d'autres professionnels de la santé ainsi qu'à des patients. En analysant les données de séroprévalence d'une cohorte de professionnels de la santé, nous avons constaté que l'exposition communautaire et l'exposition liée au travail étaient des facteurs prédictifs importants de la séropositivité au SARS-CoV-2.

En outre, nous avons analysé le risque d'infection nosocomiale chez les patients et constaté que la fragilité (indiquée par une échelle de fragilité clinique > 5) était associée à un risque sept fois plus élevé d'infection nosocomiale. Cela peut être dû à des phénomènes biologiques qui augmentent la susceptibilité à contracter une infection (par exemple, en raison de l'immunosénescence), ou à des différences dans les modes de contact parce que les patients fragiles ont besoin de plus d'aide pour leurs activités quotidiennes.

Notre recherche a permis d'étoffer le corpus croissant d'éléments indiquant qu'il existe une interaction complexe entre le personnel médical et les patients dans la transmission du SARS-CoV-2 dans les établissements médicaux. Nos résultats ont permis de mieux comprendre la dynamique de la transmission dans ces épidémies nosocomiales et ont contribué à l'adaptation des recommandations locales, nationales et internationales pour la prévention et le contrôle des épidémies nosocomiales de SARS-CoV-2.

Combined epidemiological and molecular investigation of 3 nosocomial outbreaks of SARS-CoV-2 cross-infection